El Fondo Inquisición contiene información de procesos que realizó el Tribunal del Santo Oficio, establecido por Real Cédula del 25 de enero de 1569, por mandato del rey Felipe ll, mediante una segunda Real Cédula, del 16 de agosto de 1570. Se determinó que la jurisdicción del tribunal comprendería a la Nueva España, Filipinas, Guatemala y Nicaragua. El Santo Oficio se encargó de perseguir y castigar los actos contra la fe, como: herejía, apostasía, hechicería, simonía, blasfemia, idolatría judaizante, brujería, quiromancia, incesto, bigamia, poligamia, piratería, luteranismo, entre otros.

Contiene también informes sobre limpieza de sangre y genealogía para ocupar cargos dentro del Tribunal del Santo Oficio, nombramientos, inventarios de bienes confiscados y edictos de libros prohibidos.

La relevancia del fondo radica en la documentación detallada de una institución novohispana, donde las disposiciones del gobierno virreinal conjuntaron las intenciones religiosas y políticas, que trascendieron de España al Nuevo Mundo, a partir de mandatos jurídicos, religiosos y culturales, que influyeron en la sociedad de la época. Es a través de estos testimonios que existe la posibilidad de conocer y entender ese proceso histórico.